ในสงครามที่ไร้ความปรานีระหว่างสหพันธรัฐโลกกับอาณาจักรซีออน โมบิลสูทไรเดอร์หนุ่ม อามุโร่ เรย์ ถูกส่งไปปฏิบัติภารกิจลับบนเกาะร้างที่ชื่อว่าคูคูรุซ โดอัน เพื่อสืบหาความจริงเบื้องหลังกองกำลังทหารเด็กที่ถูกทอดทิ้ง แต่เมื่อไปถึงเขากลับต้องเผชิญหน้ากับศัตรูผู้มีจิตใจดีงามอย่างกัปตันโดอัน ผู้พยายามปกป้องเด็กเหล่านั้นด้วยชีวิต การต่อสู้ที่เต็มไปด้วยมิตรภาพและความขัดแย้งทางอุดมการณ์กำลังจะเปลี่ยนมุมมองของอามุโร่ไปตลอดกาล
