ในโลกที่สงครามระหว่างมนุษย์และมนุษย์ดัดแปลงพันธุกรรมยังไม่สิ้นสุด คิระ ยามาโตะและเพื่อนๆ จากอาควิลาสต้องเผชิญกับภัยคุกคามใหม่จากองค์กรลับที่ใช้เทคโนโลยีพันธุกรรมขั้นสูงสร้างกองทัพโมบายสูทที่เหนือกว่า การต่อสู้เพื่ออิสรภาพครั้งนี้พาพวกเขาไปสู่สมรภูมิอวกาศที่ดุเดือด ที่ซึ่งมิตรภาพและความรักถูกทดสอบอย่างหนัก ขณะที่ความจริงเบื้องหลังการสร้างมนุษย์สมบูรณ์แบบกำลังถูกเปิดเผย ทุกฝ่ายต้องเลือกว่าจะยืนหยัดเพื่อสันติภาพหรือยอมจำนนต่อโชคชะตาที่ถูกกำหนดไว้
