เมื่อสายลับปริศนาอย่างโทรุ อามุโระ หรือที่รู้จักในนามซีโร่ ต้องพักจากภารกิจเสี่ยงตาย เขากลับมาใช้ชีวิตธรรมดาในร้านกาแฟโปโรโระและโรงเรียนมัธยมเทตัน แต่ความสงบสุขก็อยู่ได้ไม่นานเมื่อคดีปริศนาหยุมหยิมในชีวิตประจำวันเริ่มปรากฏตัว ไม่ว่าจะเป็นลูกค้าประหลาดที่ทิ้งรหัสลับไว้ในถ้วยกาแฟ หรือเพื่อนร่วมชั้นที่หายตัวไปอย่างลึกลับ การสืบสวนแบบไม่เป็นทางการของเขากลับเผยให้เห็นเงาขององค์กรชุดดำที่แฝงตัวอยู่ในเงามืด ในขณะที่เขาพยายามรักษาสมดุลระหว่างชีวิตสองด้าน ซีโร่ต้องใช้ทั้งไหวพริบและทักษะสายลับเพื่อคลี่คลายปมปริศนาที่เชื่อมโยงทุกคนเข้าด้วยกัน
