เมื่อเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่ในอุโมงค์ใต้ดินของเมืองหลวงที่กำลังจะมีพิธีเปิดรถไฟสายใหม่ โคนันและหน่วยสืบสวนต้องเร่งคลี่คลายปริศนาที่เชื่อมโยงกับวินาทีแห่งความเงียบที่ถูกกำหนดไว้ล่วงหน้า เบาะแสสำคัญนำไปสู่การตามล่าชายปริศนาที่ใช้รหัสลับในการก่อวินาศกรรม ขณะที่เวลากำลังนับถอยหลังสู่หายนะครั้งใหญ่ที่อาจคร่าชีวิตผู้คนนับหมื่น เส้นตายที่ถูกซ่อนไว้ในความเงียบกำลังคืบคลานเข้ามาทุกขณะ
