เรือเหาะสุดหรูลำหนึ่งถูกโจรสลัดอากาศลักพาตัวไปทั้งลำ พร้อมกับตัวประกันนับร้อยชีวิต โคนันและขบวนการนักสืบเยาวชนต้องแฝงตัวขึ้นไปบนฟ้าเพื่อสืบหาความจริงเบื้องหลังการหายตัวไปอย่างลึกลับ ท่ามกลางความตึงเครียดที่ทุกคนอาจเป็นผู้ต้องสงสัย ปริศนาความตายที่เชื่อมโยงกับอาวุธชีวภาพร้ายแรงจะถูกเปิดเผย โคนันต้องใช้ไหวพริบเหนือชั้นเพื่อหยุดยั้งภัยพิบัติที่อาจคร่าชีวิตผู้คนนับไม่ถ้วน
