หนึ่งปีหลังการจากไปของคูลสัน ทีมที่เหลือต้องเผชิญหน้ากับศัตรูใหม่ที่มาในร่างของคนที่พวกเขาไว้ใจที่สุด เมื่อการสืบสวนนำไปสู่ความจริงที่ว่าโลกอาจถูกคุกคามจากสิ่งมีชีวิตต่างดาวที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน พวกเขาต้องร่วมมือกับพันธมิตรที่ไม่คาดคิดเพื่อหยุดยั้งแผนการทำลายล้างที่เชื่อมโยงกับอดีตขององค์กร ในขณะที่ความภักดีและความเชื่อใจถูกทดสอบถึงขีดสุด การต่อสู้ครั้งนี้จะตัดสินว่าทีมจะกอบกู้อนาคตไว้ได้หรือไม่
