หลังจากศึกครั้งยิ่งใหญ่กับธานอส ปีเตอร์ ปาร์คเกอร์ต้องกลับมาใช้ชีวิตวัยรุ่นอีกครั้ง พร้อมกับความฝันที่จะสารภาพรักกับเอ็มเจในทริปทั่วยุโรปของโรงเรียน แต่แผนการสุดโรแมนติกต้องพังทลายเมื่อนิค ฟิวรีปรากฏตัวขึ้นพร้อมภารกิจลับสุดยอด สไปเดอร์แมนต้องร่วมมือกับมิสทีริโอผู้มาจากโลกคู่ขนานเพื่อต่อสู้กับธาตุอสูรที่คุกคามความสงบสุขของโลก การผจญภัยครั้งนี้จะทำให้ปีเตอร์ได้เรียนรู้ว่าการเป็นฮีโร่ไม่ได้หมายถึงแค่พลัง แต่คือการตัดสินใจในสิ่งที่ถูกต้อง แม้มันจะหมายถึงการเสียสละความสุขส่วนตัวก็ตาม
