มนุษย์ต่างดาวร่างยักษ์นามอุลตร้าแมนลงมายังโลกเพื่อปกป้องมนุษยชาติจากสัตว์ประหลาดที่คุกคาม แต่การปรากฏตัวของเขากลับสร้างความหวาดกลัวและความขัดแย้งในองค์กรป้องกันประเทศ หน่วยสืบราชการลับของญี่ปุ่นต้องร่วมมือกับมนุษย์ต่างดาวปริศนาที่แปลงกายเป็นมนุษย์เพื่อไขปริศนาที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังภัยคุกคามที่ใหญ่กว่าเดิม การต่อสู้เพื่อความอยู่รอดของโลกจึงเริ่มต้นขึ้นด้วยพลังที่เกินความเข้าใจของมนุษย์
