เมื่อมนุษย์ต่างดาวสกัลล์รูนที่แปลงร่างเป็นใครก็ได้แทรกซึมเข้ามาทุกวงการของโลก นิค ฟิวรี่ต้องเรียกตัวฟูรีและทีมเก่ามารวมตัวอีกครั้งเพื่อเปิดโปงแผนการยึดครองโลกที่กำลังจะเกิดขึ้น แต่ยิ่งสืบก็ยิ่งพบว่าสกัลล์รูนบางส่วนต้องการสันติภาพ ขณะที่อีกฝ่ายนำโดยเกรวิคเตรียมก่อสงครามกลางเมืองที่อาจทำลายทั้งสองเผ่าพันธุ์ ฟิวรี่ต้องตัดสินใจหนักระหว่างไว้ใจเพื่อนเก่าหรือสงสัยทุกคนรอบตัว เพราะศัตรูที่แท้จริงอาจอยู่ใกล้กว่าที่คิด
