การกลับมาอีกครั้งของมิวทู โปเกมอนในตำนานที่ถูกสร้างขึ้นมาโดยฝีมือมนุษย์ ผู้ซึ่งแบกรับความแค้นและความเจ็บปวดจากการถูกทดลอง คราวนี้มิวทูได้ปลุกพลังแห่งวิวัฒนาการครั้งใหม่ที่รุนแรงขึ้น พร้อมกับวางแผนล้างแค้นมนุษย์และโปเกมอนทั้งโลก ซาโตชิและพิคาชูต้องร่วมมือกับเพื่อนๆ เพื่อหยุดยั้งภัยพิบัติครั้งนี้ แต่ระหว่างทางพวกเขาค้นพบว่ามิวทูเองก็มีหัวใจที่ต้องการเข้าใจความหมายของชีวิต การต่อสู้ครั้งนี้จะเปลี่ยนความแค้นให้กลายเป็นมิตรภาพได้หรือไม่
