มิวทู โปเกมอนในตำนานที่ถูกสร้างขึ้นจากการดัดแปลงพันธุกรรมของมิว กลับมาท้าทายมนุษย์และโปเกมอนทั้งปวงด้วยการเรียกเทรนเนอร์ฝีมือดีมาสู่เกาะลึกลับเพื่อพิสูจน์ความแข็งแกร่ง ซาโตชิและพิคาชูต้องร่วมมือกับเหล่าโปเกมอนเพื่อเผชิญหน้ากับพลังอันน่าสะพรึงกลัวของมิวทูที่ต้องการครอบครองโลก ความขัดแย้งระหว่างมนุษย์กับสิ่งมีชีวิตที่ถูกสร้างขึ้นนำไปสู่การต่อสู้ที่ดุเดือดและคำถามถึงความหมายของชีวิต
