ในปี 2002 โลกต้องเผชิญกับภัยคุกคามจากก็อดซิลลาอีกครั้ง กองกำลังป้องกันประเทศญี่ปุ่นจึงเปิดปฏิบัติการลับสุดยอดด้วยอาวุธทรงพลังที่สร้างขึ้นจากซากฟอสซิลของก็อดซิลลาในอดีต นั่นคือ "เมคาก็อดซิลลา" หุ่นยนต์ยักษ์ที่ควบคุมโดยมนุษย์ แต่เมื่อศึกระหว่างสัตว์ประหลาดสองตนปะทุขึ้น เส้นแบ่งระหว่างผู้พิทักษ์และผู้ทำลายเริ่มเลือนราง การต่อสู้ที่ดุเดือดจะตัดสินชะตากรรมของมนุษยชาติและความหมายของความยุติธรรมที่แท้จริง
