สองร้อยปีหลังเหตุการณ์ในภาคที่แล้ว มนุษย์สามารถโคลนนิ่งรีปลี่ย์ขึ้นมาใหม่พร้อมกับเอ็มบริโอของเอเลี่ยนในตัวเธอ เพื่อใช้เป็นอาวุธชีวภาพ แต่เมื่อเหล่าเอเลี่ยนหลุดออกมาสร้างความโกลาหลบนยานอวกาศ กัปตันและลูกเรือต้องร่วมมือกับรีปลี่ย์ที่กลายพันธุ์ซึ่งมีความสามารถพิเศษและความทรงจำปริศนาเพื่อเอาชีวิตรอด การต่อสู้ครั้งนี้ไม่ใช่แค่กับสัตว์ประหลาด แต่กับธรรมชาติที่ถูกดัดแปลงและความหมายของการเป็นมนุษย์
