เมื่อหน่วยงานชีลด์ต้องเผชิญกับภัยคุกคามเหนือธรรมชาติ ฟิล โคลสันและทีมเอเจนต์ต้องปรับตัวรับมือกับโลกที่เวทมนตร์และเทคโนโลยีเริ่มทับซ้อนกัน โรบี้ รายเยส หรือที่รู้จักในนามโกสต์ไรเดอร์ ปรากฏตัวขึ้นเพื่อล้างแค้นให้กับความอยุติธรรม ขณะเดียวกันชีลด์ถูกประกาศเป็นองค์กรอาชญากรและต้องทำงานใต้ดินเพื่อปกป้องมนุษยชาติจากพลังลึกลับที่กำลังคุกคามโลก การต่อสู้ครั้งนี้ทำให้เอเจนต์หลายคนต้องเผชิญกับเงามืดในอดีตและค้นพบความจริงที่เปลี่ยนทุกอย่างไปตลอดกาล