ชายหนุ่มผู้ติดอยู่ในอดีตความรักครั้งแรกเมื่อสิบห้าปีก่อน ต้องเผชิญหน้ากับความจริงที่ว่าทุกสิ่งเปลี่ยนไปเมื่อซากุระเริ่มร่วงโรย ในขณะที่เขาพยายามไล่ตามเศษเสี้ยวของความรู้สึกในอดีต โลกที่หมุนเร็วเกินกว่าที่เขาจะตามทันก็ทำให้เขาต้องเลือกว่าจะปล่อยมือหรือยื้อเวลาเอาไว้ ระยะทางห้าเซนติเมตรต่อวินาทีคือความเร็วของซากุระที่ร่วงหล่น แต่ระยะห่างระหว่างหัวใจสองดวงนั้นช่างยาวไกลเกินกว่าจะวัดได้ เมื่อความทรงจำและปัจจุบันมาบรรจบกันที่สถานีรถไฟใต้ต้นซากุระในยามเย็น