สองพี่น้องนักเล่นแร่แปรธาตุต้องเผชิญหน้ากับศัตรูผู้ลึกลับนาม สการ์ ที่สังหารนักเล่นแร่แปรธาตุของกองทัพอย่างไร้ความปรานี การตามล่าหาตัวสการ์ทำให้เอ็ดเวิร์ดและอัลฟองส์ต้องเปิดโปงแผนการอันชั่วร้ายที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังการแก้แค้นของเขา ขณะเดียวกันความสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่างเผ่าอิชวาลกับกองทัพก็ถูกเปิดเผย นำไปสู่การต่อสู้ที่เข้มข้นทั้งด้านร่างกายและจิตใจ
