เมื่อคดีระเบิดต่อเนื่องเขย่าเมือง โคนันต้องเผชิญหน้ากับปริศนาระเบิดที่ถูกซ่อนไว้ในตึกระฟ้า โดยคนร้ายท้าทายให้เขาหยุดยั้งแผนการทำลายล้างครั้งใหญ่ที่เชื่อมโยงกับอดีตของชินอิจิ คูโดะ การแกะรอยเงื่อนงำจากที่เกิดเหตุและการทำงานร่วมกับกลุ่มนักสืบเยาวชนทำให้โคนันต้องใช้ไหวพริบสุดขีดเพื่อช่วยชีวิตผู้คนนับพัน ขณะที่เวลากำลังนับถอยหลังทุกวินาที การตัดสินใจเพียงเสี้ยววินาทีจะกำหนดชะตากรรมของทั้งเมือง
