ปริศนาอัญมณีสีน้ำเงินแห่งตำนานถูกขโมยไปจากงานประมูลในสิงคโปร์ โคนันและคู่หูต้องเดินทางไปไขคดีที่เต็มไปด้วยเงื่อนงำและอันตราย เมื่อพบว่าเบื้องหลังคือองค์กรลึกลับที่พร้อมจะฆ่าผู้ขัดขวาง ท่ามกลางการไล่ล่าที่ดุเดือดทั้งทางบก ทางน้ำ และทางอากาศ โคนันต้องใช้ไหวพริบเหนือมนุษย์เพื่อชิงอัญมณีคืนและเปิดโปงความจริงที่ซ่อนอยู่ภายใต้กำปั้นสีคราม
