เมื่อแบ็ตแมนถูกส่งข้ามเวลามาสู่ญี่ปุ่นยุคเซ็นโงคุที่ถูกยึดครองโดยองค์กรยากูซ่าข้ามมิติ เขาต้องร่วมมือกับนินจาในตำนานเพื่อต่อสู้กับศัตรูที่ใช้ทั้งดาบและเทคโนโลยีล้ำสมัย การต่อสู้ครั้งนี้ไม่ใช่แค่การปกป้องญี่ปุ่น แต่คือการกอบกู้เส้นเวลาทั้งหมดให้พ้นจากเงื้อมมือของลีคยากูซ่าที่หมายจะ改写ประวัติศาสตร์
