เมื่อทีมนักชีววิทยาทะเลเดินทางไปสำรวจร่องลึกก้นสมุทรที่ลึกลับที่สุดในโลก พวกเขาพบซากเรือดำน้ำรุ่นเก่าที่ซ่อนความลับของโครงการดัดแปลงพันธุกรรมงูอนาคอนดาให้กลายเป็นอาวุธชีวภาพ แต่การทดลองกลับหลุดการควบคุม ปล่อยให้อนาคอนดายักษ์ที่กลายพันธุ์จนมีขนาดมหึมาและดุร้ายกว่าที่เคย เลื้อยขึ้นมาจากความมืดเพื่อล่าทุกชีวิตบนผิวน้ำ ทีมต้องหนีตายและหาทางทำลายสัตว์ประหลาดก่อนที่มันจะแพร่พันธุ์และทำลายล้างมนุษยชาติ
