โลกที่มนุษย์กลายพันธุ์เริ่มมีพลังพิเศษและถูกสังคมหวาดกลัว ศาสตราจารย์ชาร์ลส์ เซเวียร์ รวบรวมเหล่าเอ็กซ์เมนผู้มีพลังเหนือมนุษย์เพื่อปกป้องทั้งมนุษย์และมิวแทนท์จากภัยคุกคามของแม็กนีโตที่เชื่อว่ามนุษย์ธรรมดาคือศัตรู เมื่อวายร้ายอย่างซาเบอร์ทูธและโทดบุกทำร้ายเด็กสาวพลังจิตอย่างโร้ก เอ็กซ์เมนต้องฝึกวูล์ฟเวอรีนและสตอร์มให้พร้อมรับมือศึกที่อาจเปลี่ยนแปลงชะตากรรมของทั้งสองเผ่าพันธุ์
