ในยุค 1980 โลกต้องเผชิญกับภัยคุกคามครั้งใหญ่เมื่อเอ็นซาบาห์ นูร์ หรือ อะพอคคาลิปส์ มนุษย์กลายพันธุ์ที่ทรงพลังที่สุดในประวัติศาสตร์ ถูกปลุกขึ้นจากการหลับใหลนับพันปี ด้วยความเชื่อว่าเขาคือเทพเจ้า เขารวบรวมเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์พลังสูงอย่างแม็กนีโตและสตอร์ม เพื่อกวาดล้างมนุษย์และสร้างโลกใหม่ตามอุดมคติของเขา ฝ่ายเอ็กซ์เม็นภายใต้การนำของศาสตราจารย์เอ็กซ์และมิสทีคต้องร่วมมือกันหยุดยั้งมหันตภัยนี้ ก่อนที่อารยธรรมทั้งมวลจะถูกทำลายล้างลงอย่างสิ้นเชิง