ในยุคที่มนุษย์กลายพันธุ์ถูกมนุษย์ทั่วไปหวาดกลัว เอ็นไซม์ผู้ทรงพลังนามว่า "อโพคาลิปส์" ตื่นขึ้นจากห้วงนิทราโบราณ เขารวบรวมเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์ที่แข็งแกร่งที่สุดเพื่อทำลายอารยธรรมเก่าและสร้างโลกใหม่ตามอุดมการณ์ของเขา ศาสตราจารย์เอ็กซ์และเหล่าเอ็กซ์เมนต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามที่ทรงพลังที่สุดเท่าที่เคยมีมา มิสทีคและแม็กนีโตต้องตัดสินใจเลือกข้างในสงครามที่อาจเปลี่ยนแปลงชะตากรรมของมนุษยชาติ การต่อสู้ครั้งนี้จะกำหนดว่าอนาคตของโลกจะเป็นของมนุษย์หรือมนุษย์กลายพันธุ์