โลกของนีโอสั่นคลอนเมื่อเขาค้นพบว่าไซอันกำลังถูกคุกคามโดยกองทัพเครื่องจักรที่ขุดอุโมงค์มุ่งสู่เมืองใต้ดินสุดท้ายของมนุษย์ เขาต้องเดินทางกลับไปยังเดอะเมทริกซ์เพื่อพบกับเดอะเมกเกอร์ ผู้สร้างระบบ แต่กลับพบว่าทุกอย่างที่เขาเชื่ออาจเป็นเพียงส่วนหนึ่งของโปรแกรมที่ถูกออกแบบไว้ล่วงหน้า การต่อสู้เพื่ออิสรภาพต้องเผชิญหน้ากับความจริงที่ว่าแม้แต่ผู้ถูกเลือกก็อาจเป็นเพียงฟันเฟืองในวงจรที่ไม่มีวันสิ้นสุด
