เมื่อมนุษย์พ่ายแพ้ต่อสัตว์ประหลาดยักษ์ครั้งแล้วครั้งเล่า กลุ่มนักวิทยาศาสตร์ชั่วร้ายร่วมมือกับเอเลี่ยนจากต่างดาวสร้างเมคาโกดซิลล่า หุ่นยนต์สังหารที่ทรงพลังที่สุดในโลก เพื่อกำจัดก็อตซิลล่าให้สิ้นซาก แต่แผนกลับคลี่คลายเมื่อเมคาโกดซิลล่าถูกควบคุมโดยไททันซอรัส สัตว์ประหลาดยุคก่อนประวัติศาสตร์ที่ฟื้นคืนชีพ การต่อสู้สามเส้าระหว่างก็อตซิลล่า เมคาโกดซิลล่า และไททันซอรัสจึงเริ่มต้นขึ้น ท่ามกลางความหวาดกลัวของมวลมนุษยชาติที่ต้องลุ้นว่าสุดท้ายแล้วใครจะเป็นผู้ชนะในสงครามแห่งการทำลายล้าง
