สัตว์ประหลาดยักษ์ก็อดซิลล่าและเมกะลอนต้องเผชิญหน้ากันอีกครั้งในสงครามแห่งการทำลายล้าง เมื่อเผ่าพันธุ์มนุษย์ใต้พิภพปลุกเมกะลอนขึ้นมาเพื่อแก้แค้นมนุษย์โลกที่ทำลายธรรมชาติ การต่อสู้ที่ดุเดือดระหว่างสองมหาอสูรทำให้เมืองทั้งเมืองพังพินาศ แต่ก็อดซิลล่าไม่ได้อยู่เพียงลำพังเมื่อเจ็ตจากัวร์ หุ่นยนต์ยักษ์ที่สร้างโดยเด็กหนุ่มผู้ชาญฉลาด เข้ามาช่วยเหลือ การปะทะครั้งนี้จะตัดสินชะตากรรมของโลกใบนี้
