เมื่อหน่วยรบชั้นยอด จีไอโจ ถูกหักหลังด้วยแผนสังหารหมู่จากศัตรูตัวฉกาจ คอบร้า ผู้รอดชีวิตเพียงไม่กี่คนต้องรวมพลังกับพันธมิตรลับเพื่อเปิดโปงความจริง การต่อสู้ครั้งนี้ไม่ได้มีเพียงแค่การเอาชีวิตรอด แต่คือการกอบกู้ชื่อเสียงและหยุดยั้งอาวุธมหาประลัยที่คอบร้าวางแผนจะใช้ยึดครองโลก การเผชิญหน้าระหว่างทหารผู้ภักดีและวายร้ายผู้ชาญฉลาดจึงเริ่มต้นขึ้นอย่างดุเดือด
