เมื่อโนบิตะต้องหนีออกจากบ้านเพราะทะเลาะกับแม่ เขาและผองเพื่อนได้ใช้ไทม์แมชชีนย้อนกลับไปยังยุคก่อนประวัติศาสตร์ของญี่ปุ่น ที่นั่นพวกเขาพบกับเด็กชายไทม์โบราณผู้เป็นหนึ่งในชนเผ่าแรกเริ่มของแผ่นดินนี้ แต่เมื่อพวกเขาใช้ชีวิตเรียบง่ายร่วมกัน กลับต้องเผชิญหน้ากับปริศนาของสัตว์ประหลาดยักษ์และเงามืดที่พยายามลบล้างการกำเนิดของญี่ปุ่น โดราเอมอนและเพื่อนๆ ต้องใช้ของวิเศษและความกล้าหาญเพื่อปกป้องอดีตและอนาคตของประเทศนี้ไว้ให้ได้
