โดราเอมอนพาโนบิตะและเพื่อนๆ ย้อนเวลากลับไปในยุคดึกดำบรรพ์ของญี่ปุ่นเพื่อตามหาโนบิตะที่หนีออกจากบ้าน แต่กลับพบว่าดินแดนแห่งนี้กำลังถูกคุกคามโดยปีศาจร้ายจากอนาคตที่ต้องการยึดครองโลก พวกเขาจึงต้องใช้ของวิเศษและความสามัคคีในการสร้างอารยธรรมแรกเริ่มของญี่ปุ่นขึ้นมาเพื่อต่อสู้กับภัยคุกคามครั้งยิ่งใหญ่ การผจญภัยครั้งนี้จะสอนให้ทุกคนรู้ถึงความหมายของบ้านเกิดและมิตรภาพที่แท้จริง
