โคนันต้องเผชิญหน้ากับปริศนาครั้งสำคัญ เมื่อจอมโจรคิดประกาศจะขโมย "ดวงตาของอัจฉริยะ" ซึ่งเป็นอัญมณีที่ซ่อนความลับแห่งจักรวาลไว้ภายใน การไล่ล่าอันดุเดือดระหว่างยอดนักสืบและจอมโจรลึกลับเริ่มต้นขึ้น ท่ามกลางการวางแผนที่ซับซ้อนและกลลวงสุดแยบยลที่ทำให้ทั้งคู่ต้องใช้สติปัญญาเหนือชั้นเพื่อเอาชนะกัน แต่เมื่อศัตรูร่วมปรากฏตัวขึ้น ความสัมพันธ์ระหว่างศัตรูคู่ปรับอาจต้องเปลี่ยนไปตลอดกาล
