เมื่อคู่หูนักสืบมาริโอและดร.อากาสะถูกฆาตกรรมอย่างปริศนา โคนันต้องสืบหาความจริงที่เชื่อมโยงกับเงามืดขององค์กรชุดดำ การปรากฏตัวของยอดฝีมือปริศนาที่มีรอยแผลเป็นบนใบหน้าทำให้คดีซับซ้อนยิ่งขึ้น ทุกหลักฐานนำไปสู่การเปิดโปงความลับที่ถูกซ่อนไว้ในอดีตของชินอิจิ คุโด้ โคนันต้องใช้ไหวพริบและความกล้าหาญเพื่อปกป้องคนรอบข้างจากเงื้อมมือของวายร้ายที่มองไม่เห็นตัวตน
