เมื่อองค์กรลับที่ถูกปิดปากเงียบต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามครั้งใหญ่ โคนันและเพื่อนพ้องต้องไขปริศนาที่เชื่อมโยงกับหน่วยสืบราชการลับ "ซีโร่" ซึ่งมีอามุโร่ โทรุเป็นหนึ่งในสายลับชั้นยอด การโจมตีครั้งใหญ่ในโตเกียวทำให้ทุกคนตกเป็นเป้าหมาย และเส้นแบ่งระหว่างความถูกต้องกับภารกิจเริ่มเลือนราง โคนันต้องใช้ไหวพริบและความกล้าหาญเพื่อเปิดโปงความจริงก่อนที่ทุกอย่างจะพังทลายลงในปฏิบัติการสุดระทึกที่ไม่มีใครไว้ใจใครได้อีกต่อไป
