โคนันและเพื่อนๆ ได้รับเชิญไปร่วมล่องเรือรบสุดหรูของตระกูลมหาเศรษฐี ทว่ากลับกลายเป็นฝันร้ายเมื่อมีเหตุระเบิดและไฟไหม้เกิดขึ้นกลางมหาสมุทร แถมยังมีปริศนาคนร้ายที่ซ่อนตัวอยู่ในเรือหวังสังหารผู้โดยสารทีละคน โคนันต้องใช้ไหวพริบและรองเท้าพลังวิเศษไขปริศนาท่ามกลางวิกฤติเรือที่กำลังจม ก่อนที่ทุกคนจะกลายเป็นเหยื่อของแผนการสังหารหมู่ครั้งนี้
