โคนันและเพื่อนๆ เดินทางไปพักผ่อนบนเรือสำราญสุดหรูก่อนจะพบกับปริศนาการหายตัวไปของนักวิทยาศาสตร์ชื่อดังที่กำลังจะเปิดเผยความลับอาวุธใต้ทะเลลึก ระหว่างการสืบสวน กลับเกิดเหตุระเบิดและเรือเริ่มจมลงอย่างช้าๆ ท่ามกลางความตื่นตระหนก โคนันต้องใช้ไอเทมจากรองเท้าพลังเพิ่มแรงและสายรัดข้อมือลูกโลกไขปริศนาที่ซ่อนอยู่ใต้น้ำ ก่อนที่องค์กรชุดดำจะเข้ามาขัดขวางและทำให้ทุกอย่างซับซ้อนยิ่งขึ้น ภารกิจกู้เรือและปกป้องความลับระดับโลกจึงเริ่มต้นขึ้น
