เมื่อเด็กหนุ่มนักสืบที่ตัวเล็กลงอย่างโคนันต้องเผชิญกับคดีระเบิดปริศนาที่สั่นคลอนเมืองทั้งเมือง ระเบิดร้ายแรงถูกวางไว้ตามจุดสำคัญต่างๆ และคนร้ายทิ้งปริศนาท้าทายให้แกะรอย โคนันต้องใช้ไหวพริบและความสามารถพิเศษในการไขปริศนาก่อนที่การระเบิดครั้งใหญ่จะคร่าชีวิตผู้คนนับไม่ถ้วน ขณะเดียวกันเขาก็ต้องปกป้องรันและคนรอบข้างจากอันตรายที่ใกล้เข้ามาทุกที การไล่ล่าครั้งนี้จะนำไปสู่การเปิดโปงความจริงที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังแผนการอันชั่วร้าย
