อเล็กซ์ ไรเดอร์ วัยรุ่นสายลับต้องกลับมาปฏิบัติภารกิจอีกครั้งเมื่อองค์กรลับเอ็มไอ6พบเบาะแสขององค์กรอาชญากรรมลึกลับที่ชื่อว่าไนท์เซนเตอร์ หลังจากการสืบสวนพบว่ามีการสร้างฐานทัพลับในทะเลทรายเพื่อพัฒนาเทคโนโลยีอาวุธมหาประลัย อเล็กซ์ต้องแทรกซึมเข้าไปในค่ายฝึกขององค์กรนี้โดยปลอมตัวเป็นนักเรียนที่ถูกคัดเลือกมาเป็นพิเศษ แต่ยิ่งลึกเข้าไปเท่าไหร่ เขากลับพบความจริงที่น่าสะพรึงกลัวเกี่ยวกับแผนการของศัตรูที่อาจเปลี่ยนแปลงโลกไปตลอดกาล
